文章摘要:【目的】分析不同养殖模式的福瑞鲤肠道菌群结构组成和群落特征。【方法】通过16S rRNA高通量测序技术，分析比较哈尼梯田稻鲤共作、传统池单养、水泥池单养模式下的福瑞鲤肠道菌群的结构组成和丰度差异。【结果】梯田稻鲤组（RCIC）、传统池鲤组（YPIC）和水泥池鲤组（HPIC）分别获得了2345、238和118个OUT。RCIC组的Sobs指数及PD指数最高，显著高于YPIC组（P<0.05），及其显著高于HPIC组（P<0.01）；池塘单养模式下，两组之间多样性指数也存在显著差异，YPIC组大于HPIC组（P<0.05）。含量大于10%优势菌门：RCIC组主要为变形菌门（39.39%）、梭杆菌门（38.55%）和厚壁菌门（15.4%）；YPIC组为变形菌门（21.87%）、梭杆菌门（58.27%）；HPIC组为变形菌门（46.63%）、梭杆菌门（53.14%）。变形菌和梭杆菌为三组福瑞鲤肠道样品的优势菌群，其中隶属的鲸杆菌属Cetobacterium、气单胞菌属Aeromonas为核心优势菌属。LEfSe线性判别分析（LDA＞3）显示17个具有差异的标记菌属，其中Romboutsia、Clostridium＿sensu＿stricto＿1、Enterobacter、Paraclostridium、Methylobacterium、norank＿f＿＿norank＿o＿＿Chloroplast、Edwardsiella、Epulopiscium为RCIC组具有的差异标记菌属。【结论】不同养殖模式的福瑞鲤既有固有菌群，也塑造差异显著的肠道菌群组成结构。稻梯田鲤肠道菌群丰富度和多样性显著增加，且具有更多的有益差异标记菌属，获得更健康的肠道菌群群落特征。

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